Ta sündis Põhja-Tiibetis Amdos, paigas nimega Mägisibulate Org, millest on tuletatud ka tema nimi. Ta õppis nooruses erinevate koolkondade õpetajate juures. Külastades paljusid kloostreid, leidis Tsongkhapa, et algupärane puhas India päritolu budism on Tiibetis alla käinud. Seepärast rajas ta koos oma õpilastega uue koolkonna, mille liikmeid hakati kutsuma vooruslikeks (tb dge lugs pa). Tsongkhapa süstematiseeris ja taastas õpetusi ja rituaale ning kehtestas oma koolkonnas varasema kadami koolkonna eeskujul kloostrikorra, mis põhines rangel vinajal. Tsongkhapad peetakse Tiibetis üheks olulisimaks õpetlaseks, kes oli ühtviisi kõrgel tasemel nii suutrate, šaastrate, tantrate kui ka meeleharjutuste valdkonnas. Tsongkhapa kogutud teosed hõlmavad 12 köidet; olulisemad teosed on "Suur astmeline tee" (tb lam rim chen mo), "Suur mantra astmete esitus" (tb sngags rim chen mo) ning joogatšaara ja madhjamaka õpetusi käsitlev "Suurepäraste selgituste tuum" (tb legs bshad snying po). Tiibetlased peavad Tsongkhapad Mandžušrī kehastuseks. Tsongkhapa õpilastest sai alguse dalai-laamade ja pantšen-laamade institutsioon.
