Mungaks astudes ühines ta kõigepealt tendai koolkonnaga, kuid pettus selles ja hakkas õppima zen’i. 1223 rändas Dōgen Hiinasse, kus õppis caodong’i munkade juures. 1227 Jaapanisse naastes hakkas ta nende eeskujul propageerima shikantaza meeleharjutust. Sōtō teooria järgi võib sel teel jõuda buddhasuse avanemiseni, mis on igas olendis varjatud kujul algupäraselt olemas. Tõmbunud koolkondadevaheliste vastuolude tõttu pealinnast Kyōtost eemale, rajas Dōgen Echizeni mägedes Eiheiji templi, kus veetis oma ülejäänud elupäevad. Dōgeni põhiteos on „Tõelise seadmusesilma varamu“ (jp shōbōgenzō), milles ta annab oma meetodile filosoofilise põhjenduse.
