Tunnistuskirik kujunes välja vastureaktsioonina Saksamaa natsionaalsotsialistliku valitsuse rassi- ja kirikupoliitikale ning seda toetanud saksa kristlaste liikumisele. Liikumise ametlikuks alguseks peetakse 1934. aastal vastu võetud Barmeni deklaratsiooni, milles tauniti riigivõimu sekkumist kirikuellu ja rõhutati Jumala ilmutuse primaarsust maiste ideoloogiate ees. Kuigi ametlikult võitles tunnistuskirik vaid evangeelse kiriku iseseisvuse eest, kritiseerisid mitmed selle liikmed ka natsionaalsotsialismi ideoloogiat ja kuritegusid. Tunnistuskiriku asutamise ja juhtimisega olid seotud näiteks nimekad teoloogid Karl Barth (1886–1968), Martin Niemöller (1892–1984) ja Dietrich Bonhoeffer (1906–1945); neist viimased kaks langesid ka riigivõimu repressioonide ohvriks.
