Neotomismi, nagu kogu neoskolastikat, edendati katoliku kiriku võitlusvahendina 19. sajandi modernismi vastu kirikus ja ühiskonnas. Paavstide toetusel (nt Leo XIII entsüklika „Aeterni Patris“, 1879) kujunes see 19. sajandi kestel katoliiklikuks kooliteoloogiaks ning selle kõrgaeg kestis 20. sajandi algusest Vatikani II kirikukoguni (1962–1965). Neotomismi meetodi õigustamine vajadusega kaitsta katoliku kiriku õpetust on möödanik, sest nüüdisaja katoliiklus küll hindab kõrgelt Aquino Thomase pärandit, kuid ei seo end eksklusiivselt ühegi filosoofiaga (vt Johannes Paulus II entsüklika „Usk ja mõistus", 1998/2016, art 76).
