Teiseks musttõbe esilekutsuvaks teguriks on atmosfääri saastatus mitmesuguste gaasidega (nagu lämmastikdioksiid, süsinikoksiid, vääveldioksiid jt), millega saastunud mesilased end väga kaua (kuni tund) puhastavad. Kuigi mesilaste välimuses ei ole oluliselt midagi muutunud, on muutused toimunud mesilaste siseorganites, mis muudab nad enneaegselt vanaks ja nende karvkatte hapraks. Väidetakse, et mõnekümneminutiline viibimine saastatud õhus muudab lennumesilase mitu nädalat vanemaks, ta kaotab oma karvkatte ja sureb mõne päeva jooksul.
