Misjoniteoloogia ülesanne on anda kiriku misjonitöö jaoks teaduslikult põhjendatud alus ja siht. Kristliku misjoni kiire areng alates 17. sajandist ning eriti 19.–20. sajandil on muutnud misjoniteoloogia paradigmasid, tõstes tähelepanu keskpunkti kirikukeskse misjoni asemel Kristuse-keskse misjoni. See tähendab, et kristlik kirik kui misjoni elluviija kõigi inimeste ja rahvaste hüvanguks ei ole iseenese eesmärk, vaid kirik osaleb Jumala misjonis (ld missio Dei). See vaateviis aitab mõista misjoni seesmist motiivi, milleks on Jumala hool ja armastus oma loodu vastu, et seda päästa ja hoida ning mille teenistusse pühendub kirik koos kõigi hea tahtega inimestega. Nüüdisaja oikumeeniline liikumine toetab niisugust misjoniteoloogiat, mis küll võtab arvesse kristlike konfessioonide erinevad misjonimotiivid, kuid tõstab esile kirikute ühise misjonitöö kõigi inimeste heaks.
