Enamlevinud on mesilasemade märgistamine. Mesilasemade märgistamiseks kasutatakse märgistamispuuri, märgistamisvõrku või tehakse seda ema fikseerimisega pöidla ja nimetissõrme abil. Viimast meetodit võivad kasutada siiski väga tundlike käte ja sõrmedega mesinikud. Vähemtundlike käte ja sõrmedega mesinikel on soovitatav kasutada märgistamispuuri või märgistamisvõrku. Mesilasemasid märgistatakse peamiselt kahel viisil a) ühe poole tiibade osalise amputeerimise teel ja b) märgistamine värviga või foolium- või plastkettaga. Vastavalt mesilasema sünniaastale tehakse mesilasema turjakilbile vastava värviga täpp või kleebitakse sinna spetsiaalse liimiga värvilisest fooliumist või plastist väljastantsitud kettakene. Plastist ja fooliumist märgiste kasutamise eeliseks on see, et sinna saab peale märkida ka ema põlvnemise kohta käivad tähtsamad andmed. Rahvusvaheliselt kasutatakse järgmist värvide järjestust: kui mesilasema sünniaasta lõpeb 1 või 6-ga, kasutatakse valget värvi; 2 ja 7-ga – kollast; 3 ja 8-ga punast; 4 ja 9-ga rohelist; 5 ja 0-ga sinist. Mesilasema märgistamisel tiiva amputeerimise teel kasutatakse järgmist süsteemi: parem tiib (ees ja tagatiib) amputeeritakse 1/3 ulatuses, kui aasta lõpeb paaritu arvuga; paarisarvuga lõppeval aastal aga vasak tiib. Kui tiib amputeeritakse üle 1/3, siis võib juhtuda, et see ema vahetatakse mõne aja pärast vaikse emadevahetuse käigus välja.
