Kirikukoolide tegevus ulatub tagasi aega, mil kristlikul kirikul oli paljudes ühiskondades keskne roll hariduse andmisel. Kirikukoolid olid nt keskajal rajatud toomkoolid ja kloostrikoolid, Eesti ajaloos on lisaks tuntud ka konfessionaalsetel alustel tegutsenud luteri ja õigeusu kihelkonnakoolid. Nüüdisaegsed kirikukoolid on enamasti üldharidust pakkuvad erakoolid, mis lähtuvad küll riiklikest õppekavadest, kuid pööravad selle täitmisel suuremat tähelepanu kristlikele väärtustele, annavad alati usuõpetust ning korraldavad sageli õpilastele ka palvusi ja jumalateenistusi. Kirikukooli pidaja ei pea alati olema kirik või kogudus, vaid võib olla ka mõni muu kirikuga seotud kristlik ühing, nt sihtasutus.
