Kirikut on selle algusaegadest peale soovitud näha õpetuslikult ja hierarhiliselt ühtse kehandina, mistõttu tõsisemad lahkarvamused on põhjustanud arvukaid lahkulöömisi, kusjuures kumbki haru peab skismaatiliseks vastaspoolt. Skisma tähendab reeglina vastastikust taunimist ning osaduse katkestamist, kusjuures alati ei ole tingimata tegemist teise poole hereetiliseks kuulutamisega, st olulistes dogmaatilistes küsimustes ei pruugi seisukohad lahkneda. Suuremaid lõhenemisi on kirikuloos olnud kolm. Esimene toimus 5. sajandil, kui pärast Chalkedoni kirikukogu otsuseid eraldusid riigikirikust mitmed idakirikud. Kirikuloo suurim, suur skisma ehk suur kirikulõhe (1054), mille käigus Rooma paavst ja Konstantinoopoli patriarh panid teineteist vastastikku kirikuvande alla, lõi kiilu roomakatoliku ja ortodoksi kiriku vahele. 1965. aastal vastastikune ekskommunikatsioon küll tühistati, kuid ühtsus on seni taastamata. Kolmas lõhenemine sai alguse 16. sajandil reformatsiooniga, mil reformatoorsed kirikud lõid lahku roomakatoliiklusest.
