Esimesed inkvisitsioonikohtud asutati Verona kirikukogu 1184. aasta otsuste põhjal – algselt olid need piiskopkondlikud asutused. Paavst Gregorius IX (ametis 1227–1241) tsentraliseeris inkvisitsiooni ja allutas selle endale. Paavst hakkas ise inkvisiitoreid ametisse määrama, enamasti valiti nad dominiiklaste seast. Inkvisitsiooniprotsessi eesmärk oli välja selgitada, kas valeõpetuse ehk hereesia järgimises või levitamises süüdistatud inimene on selles tõepoolest süüdi, süü tõestamise korral veenda teda sellest lahti ütlema ja meelt parandama ning tõsisematel juhtudel anda süüalune üle ilmalikele võimudele karistamiseks. Inkvisitsioon kirikliku asutusena ise kedagi füüsiliselt ei karistanud ega hukanud, kuigi uurimismenetluse käigus võidi rakendada piinamist. 16. sajandil jäi inkvisitsioon väljaspool Kirikuriiki tegutsema veel vaid Hispaanias ja Portugalis, kus see allutati kuningale. Mõlemas riigis suleti inkvisitsioonikohtud 19. sajandi I poolel. Rooma kuurias 1542. aastal loodud inkvisitsiooni kongregatsioon reorganiseeriti samuti 19. sajandil, muutudes samm-sammult karistavast institutsioonist õiget õpetust kuulutavaks ja sõna abil kaitsvaks asutuseks. See nimetati 1908 ümber püha ameti kongregatsiooniks ja 1965 usudoktriini kongregatsiooniks.
