Kirik võib olla organiseeritud nii piirkondlikkuse põhimõttel (nt kihelkonnakirik) kui ka rahvustunnuse, keele, kultuuri või vaimulaadi põhjal. Esimese põlvkonna kristlaste koguduseelu iseloomustas kohati ka varaühisus (Ap 4:32), samuti suhtlusvõrgustik kogu Rooma maailma piirides (vt Rm 15:26–29) ning seesmine struktureeritus ametite järgi (1Kr 12:12–28). Kogudusi ühtse juhtimise all määratletakse kirikuna. Roomakatoliku kirik koosneb piiskoplikult juhitud osakirikutest ühenduses paavstiga. Õigeusu kiriku põhiüksus on piiskopkond (mõnel pool metropoolia); piiskopkonnad moodustavad kohaliku kiriku, mis on oma juhtimises iseseisvad. Luterlikud kirikud on enamasti piiskoplikult juhitud iseseisvad rahvuskirikud. Vabakiriklik traditsioon näeb kohalikke kogudusi autonoomsete ja isejuhtivate usklike ühendustena, kes moodustavad koguduste liidu ja osalevad kiriklikes struktuurides või muudes usuühendustes vabatahtlikult ja sõltumatuna.
