Pühapäevakooli tegevust korraldatakse kogudustes vastavalt võimalustele, see võib toimuda kas enne või pärast jumalateenistust, jumalateenistuse ajal või vahel ka hoopis mõnel teisel nädalapäeval. Pühapäevakoolide alguseks loetakse 18. sajandi lõpul Inglismaal filantroop Robert Raikesi (1736–1811) algatusel vabrikutööliste lastele korraldatud koolitunde, mis toimusid pühapäeviti, sest teistel päevadel käis enamik lapsi tööl. Esialgu hõlmas see lisaks usuõpetusele ka lugema ja kirjutama õppimist. Pühapäevakoolide pidamise tava levis kiiresti ingliskeelsetes maades ja 19. sajandi keskpaigast juba üha enam kogu kristlikus maailmas paljudes konfessioonides. Olenevalt kirikust võib pühapäevakool olla suunatud eelkõige koguduse perede lastele, olles vanematele abiks laste kristlikul kasvatamisel, või ka avatum, kuhu on teretulnud kõik lapsed olenemata pere maailmavaatest.
