Ajalooliselt anti vaimulikku haridust eelkõige kloostrite juures. Roomakatoliku kirikus hakati seminare kui iseseisvaid õppeasutusi moodustama vastureformatsiooni käigus 16. sajandil, õigeusu kirikus valdavalt 18.–19. sajandil. Roomakatoliku seminarid on nüüdisajal enamasti iseseisvad, piiskopkondliku alluvusega või ordu koosseisu kuuluvad õppeasutused, mis annavad filosoofial ja teoloogial põhineva rakenduskõrghariduse – kuna seal valmistatakse ette preestrikandidaate, nimetatakse neid sageli preestriseminarideks. Õigeusu seminarid on ajalooliselt andnud laiemat vaimulikku haridust, valmistades lisaks preestrikandidaatidele ette ka tulevasi koorijuhte ja kirikukoolide õpetajaid; neid on sageli nimetatud vaimulikeks seminarideks. Nüüdisajal võivad need olla nii iseseisvad piiskopkondlikud õppeasutused kui ka kuuluda mõne kõrgkooli juurde. Protestantlikes kirikutes võib seminar olla eraldi vaimulik õppeasutus või siis mõne kõrgkooli osa – viimasel juhul on seminari ülesanne vaimulikupühitsuseks valmistuvatele teoloogia üliõpilastele kogudusetööks vajalike oskuste ja teadmiste andmine (nt EELK Usuteaduse Instituudi pastoraalseminar).
