Eestis on riskipõhine järelevalve süsteem ja seda toetav laborite võrgustik. Järelevalvetööd toetavad järjest rohkem erinevad IT-lahendused (Veterinaar- ja Toiduameti [VTA] järelevalveinfosüsteem, erinevad registrid). Järelevalveasutuste klientide hulgas läbi viidud rahuloluküsitluste kohaselt on VTA ja Põllumajandusameti tööga rahulolu kõrge. Tulenevalt uutest riskiteguritest, teadusandmetest ja muudest mõjuteguritest lisandub järelevalveasutuste ülesannete hulka uusi valdkondi (nt 2014. a toidupettused, 2016. a toidu reformuleerimine ja AMR), mis suurendavad asutuste töökoormust.
