Värviga mesilasemade märgistamine on maailmas üks levinumaid. Vastavalt mesilasema sünniaasta viimasele numbrile tehakse mesilasema rindmiku seljakilbile (rindmikukilbile) spetsiaalse kiirestikuivava värviga u 2,0–2,5 mm diameetriga täpp. Värviga märkimisel tuleb tähelepanu pöörata sellele, et täpi tegemisel pintslikest või tikukest natuke pöörataks. Vastasel juhul jääb värv mesilasema turjakilpi katvatele karvakestele ja kaob sealt üsna kiiresti (näritakse töömesilaste poolt maha). Värviga märkimiseks kasutatakse spetsiaalset märgistamispuuri, mis kujutab endast klaasist või läbipaistvast plastmassist silindrit, mille üks ots on kaetud 3×3 mm silmaga võrguga ja milles liigub pehmest poroloonist valmistatud kolb. Mesilasemade märgistamisel kasutatakse viie värvi süsteemi. Kui aastaarv lõpeb 1 või 6-ga, on märk valge; 2 või 7-ga – kollane; 3 või 8-ga – punane; 4 või 9-ga roheline; 5 või 0-ga – sinine.
