Alternatiivsed rekombinatsioonisaidid (nt FRT3, LoxP) on spetsiifilised DNA järjestused, mida kasutatakse sihtmärkidena koht-spetsiifilistele rekombinaasidele (nt Cre, FLP jt) geenitehnoloogias. Nende peamine eesmärk on võimaldada DNA-l mitut järjestikust või paralleelset manipuleerimisetappi ilma, et ensüümid segaksid teineteise tööd ehk põhjustaksid soovimatut rekombinatsiooni. Ka antikehade V(D)J geenisegmentide splaissing eeldab alternatiivset rekombinatsiooni ja spetsiifiliste rekombinatsioonisaitide olemasolu.
