Negatiivse laenguga nukleiinhappe molekulid liiguvad elektriväljas katoodilt (-) anoodile (+), läbides agaroosi maatriksi vastavalt nende molekulmassile. Valgumolekulide eraldamiseks kasutatakse enamasti SDS-PAGE (naatriumdodetsüülsulfaat-polüakrüülamiid geelelektroforees), vaid väga suurte valkude puhul leiab kasutust agaroosgeelelektroforeestehnika.
