CIB-kromosoomis on kolm markeripiirkonda: 1) suur inversioon C (homoloogilise rekombinatsiooni krossingoveri ehk ristsiirde supressor); 2) retsessiivne letaalne mutatsioon l; 3) dominantne mutatsioon B, mis määrab silmade ebatavalise kuju. ClB-kromosoomi puhul tagatakse ristsiirde allasurumisega ClB kromosoomi geenide pärandumine ilma et rekombinatsioon neid mõjutaks. ClB-kromosoomi saab edasi anda ainult heterosügootses olekus. Dominantne mutatsioon B aitab tuvastada ebaloomulike kitsaste silmadega kärbsed, mis näitab, et neil esineb ClB-kromosoom. Selliselt disainitud ClB-kromosoom võimaldab säilitada ja analüüsida restessiivseid letaalseid mutatsioone.
