Ülikooli juhib rektor. Ta kannab vastutust ülikooli üldseisundi ja arengu ning rahaliste vahendite õiguspärase ja otstarbeka kasutamise eest.
Rektor: 1) teostab ülikoolis oma pädevuse piires kõrgeimat haldus- ja distsiplinaarvõimu; 2) kinnitab ülikooli sisekorraeeskirjad; 3) kinnitab ülikooli asjaajamiseeskirjad; 4) teeb korraldusi ja annab käskkirju, mis on ülikooli liikmeskonnale täitmiseks kohustuslikud; 5) määrab kindlaks prorektorite arvu ja nende tegevusvaldkonnad; 6) nimetab ametisse prorektorid ning sõlmib nendega kuni viieks aastaks töölepingud; 7) tagab ülikooli nõukogu määruste ja otsuste täitmise; 8) omab õigust ühekordseks vetoks ülikooli nõukogu määruse või otsuse suhtes; 9) võib moodustada operatiivseks juhtimiseks ülikooli valitsuse ning määrab kindlaks selle tegevuse alused ja korra; 10) hoolitseb õppetegevuse ja teadusuuringute otstarbeka korralduse eest; 11) tagab ülikooli eelarveprojekti koostamise; 12) tagab ülikooli eelarve täitmise ja esitab selle kohta aruande ülikooli nõukogule; 13) esindab ülikooli ja teostab ülikooli nimel tehinguid käesoleva seaduse ning ülikooli põhikirjaga antud volituste ulatuses; 14) lahendab teisi seaduse ja ülikooli põhikirjaga tema pädevusse antud küsimusi; 15) on aruandekohustuslik ülikooli nõukogu ees.
