Eesti Liikluskindlustuse Fondi kõrgeim juhtorgan on nõukogu. Nõukogu liikmed nimetatakse tähtajatult. Nõukogu kolm liiget nimetab Riigikogu, kolm liiget rahandusminister, ühe liikme Tarbijakaitse Liit ja igal Eesti Liikluskindlustuse Fondi liikmel on õigus nimetada üks nõukogu liige.
