Traditsiooniliselt jaotatakse seemnetaimed paljasseemnetaimedeks ja katteseemne- ehk õistaimedeks. Seemnetaimi on käsitletud hõimkonnana, kuhu õistaimed ja paljasseemnetaimede suured rühmad – palmlehikud, hõlmikpuud, vastaklehikud ja okaspuud – kuuluvad klassidena. Kaasaegses taimesüstemaatikas kasutatakse seemnetaimi pigem üldmõistena või määramata taksonoomilise tasemeta klaadina.
