1073 rajas Khöni (tb ’khon) suguvõsast pärit Köntšok Gjälpo (tb dkon mchog rgyal po, 1034–1102) sinna koolkonna esimese kloostri. Sakja koolkond arvab oma järjepidevust India mahasiddhast Virūpast. Koolkonna keskne õpetus on lamdre (tb lam ’bras ‘tee ja vili’), mille järgi nii virgumistee kui ka selle eesmärk sisalduvad teineteises. Kõigil olenditel on buddhaloomus, ent meeleplekkide tõttu ei suudeta seda ära tunda. Seda vaadet selgitatakse ka sansaara ja nirvaana eristamatuse kaudu. Sakja koolkonnas rõhutatakse eriliselt pühitsuse tähtsust. Koolkonna keskseks tekstiks on Hevajra-tantra, kuid väga oluline on ka budistliku filosoofia ja loogika (skr pramāṇa) õppimine. Erinevalt enamikust teistest tiibeti budismi koolkondadest ja õpetusliinidest on sakja koolkonna pealaamade järjepidevus seotud ühe kindla perekonnaga; tiitlid päritakse Khöni perekonna meesliini kaudu. Koolkonna juht kannab tiitlit Sakja trizin (tb sa skya khri ’dzin ‘Sakja troonihoidja’). Sakja koolkonna kõrgaeg oli 13.–14. saj, mil mongolite toetusel kuulus Khöni perekonnale ka poliitiline võim suure osa Tiibeti üle ning mitmed selle väljapaistvad esindajad, nagu Sakja Pandita ja Phagpa (1235–1289), olid kõrgetel aujärgedel mongoli soost Hiina Yuani dünastia (1279–1368) keisrite õukonnas.
