Nüüdisaegne misjoniteadus koos õppetoolide asutamisega ülikoolide juures sai alguse 19. sajandi II poolel, ülemaailmse misjonitöö vajadusi silmas pidades. Koos misjonitööks vajamineva teoloogilise ettevalmistusega ja teaduspõhise misjoniteooria arendamisega pöörati tähelepanu ka teiste religioonide uurimisele misjonimaades. Tegeledes nii teoreetilise kui ka praktilise poolega, on misjoniteadusel kokkupuude sarnast valdkonda uurivate teadusaladega, nagu oikumeenika, kultuurikommunikatsioon, kultuuriantropoloogia, religiooniteadus, religioonisotsioloogia jt. Sageli on misjoniteadus hõlmatud üldisemasse distsipliini, mida nimetatakse kultuuridevaheliseks teoloogiaks (intercultural theology).
