Kuigi kogu kristlik kirik on korraldatud territoriaalsetel alustel, on territoriaalkiriku kontseptsioon seotud 16. sajandi reformatsiooniga. Kui protestantlikud kogudused eraldusid paavsti juhitud katoliku kirikust, usaldasid nad ennast sageli kohaliku valitseja juhtimise alla, kellest sai oma riigi territooriumil kõrgeima ja välistest jõududest sõltumatu kirikliku võimu kandja. Nii tekkisid toonaste riikide piires iseseisvad kirikuorganisatsioonid, mis püsivad nüüdisajani. Enamasti oli neil kirikutel pikka aega ka riigikiriku staatus. Saksamaal ja Šveitsis organiseeriti samadel alustel lisaks luterlikele kogudustele ka reformeeritud kogudused. Sisuliselt toimivad nüüdisajal territoriaalkirikutena ka paljud õigeusu ja anglikaani kirikuorganisatsioonid, kuid seal territoriaalkiriku terminit ei kasutata ja rõhutatakse tugevamalt kiriku ülemaailmsuse põhimõtet.
