Justiitsministeeriumi valitsemisalas on õigusloome koordineerimine, õigusaktide süstematiseerimine, Eesti õigusaktide Euroopa Liidu õigusega ühtlustamise tagamine, esimese ja teise astme kohtute, prokuratuuri, vanglate, interneeritute vastuvõtupunktide, notarite ametitegevuse ja õigusteenuse korraldamine ning õigusloome ministeeriumi pädevuse kohaselt, samuti välisriigi kodaniku või kodakondsuseta isiku välisriigile väljaandmise otsustamine.