Heterodoksiaks võib kõige laiemas tähenduses nimetada igasugust kõrvalekallet kiriku õpetusest (õigest õpetusest ehk ortodoksiast), mistõttu seda on kasutatud ka hereesiate sünonüümina. Kitsamalt piiritletuna on heterodoksia selline õpetus või tõlgendus, mis ei ühti küll kiriku ametliku seisukohaga, kuid ei lahkne samas ametlikust õpetusest määral, et see oleks kuulutatud hereesiaks. Samuti on heterodoksiateks nimetatud kõiki neid kristlikke õpetusi ja kirikuid, mis küll eristuvad konkreetse kiriku õpetusest, kuid jagavad samu põhiuskumusi (näiteks usku kolmainsasse Jumalasse). Selles tähenduses on näiteks õigeusu kiriku seisukohalt heterodokssed uskkonnad katoliku ja anglikaani kirik, vanad idakirikud ja enamik protestantlikke kirikuid.
