Hingab mesilane hingamisavade kaudu, mis asuvad kahel pool rindmikul ja tagakehal. Hingamisteede ehk trahheade kaudu jõuab õhk rakkudeni, kus hapnik antakse üle kõikidele rakkudele. Seega toimub gaasivahetus kogu mesilase kehas ja teb ta väga tundlikuks õhus olevate gaasiliste ja ka taimekaitsevahenditest lenduvate mürkainete suhtes. Teisisõnu - iga õhus olev mürgine gaas satub väga kiiresti kogu organismi. Sellega on seletatav ka mesilaste tundlikkus igasuguste mürgiste (ka väga väikestes kontsentratsioonides) suhtes. Mesilase hingamisavad on varustatud karvakestega, mis puhastavad õhu mehhaanilistest lisanditest (tahm, õietolm jne). Vajadusel võib mesilane hingamisavad mõneks ajaks sulgeda.