Fundamentaalteoloogia on apologeetika edasiarendus. Mõiste võeti kasutusele 19. sajandil. Fundamentaalteoloogiat eristab apologeetikast rõhuasetus: kui apologeetika on suunatud eelkõige mittekristlaste veenmisele kristluse õigsuses ja seeläbi evangeliseerimisele, siis fundamentaalteoloogia põhiülesanne on pakkuda kristlastele endile ratsionaalseid argumente usutõdede toetuseks ning demonstreerida usu ja mõistuse ühildamise võimalikkust. Katoliku teoloogias keskendub see neljale põhiteemale: 1) traktaat religioonist, 2) traktaat ilmutusest, 3) traktaat kirikust, ja 4) traktaat teoloogilisest tunnetusõpetusest. Teoloogiliste distsipliinide jaotuses moodustab fundamentaalteoloogia osa süstemaatilisest teoloogiast.
