Keskkonnaministeeriumi valitsemisalas on riigi keskkonna- ja looduskaitse korraldamine, maaga ja ehitustegevusega seotud ülesannete lahendamine, sealhulgas regionaalplaneerimise kavade väljatöötamine ja elluviimine, loodusvarade kasutamise, kaitse ja arvestamise korraldamine, järelevalve looduskeskkonnale ohtlike ainete kasutamise üle, ilmavaatluste, geoloogiliste, ehituslike, loodus- ja mereuuringute ja geodeetiliste tööde korraldamine, maakatastri pidamine ning vastavate õigusaktide eelnõude koostamine.