Kui misjonipiirkond nimetatakse apostlikuks prefektuuriks, muutub see kirikuõiguslikult võrdseks muude osakirikutega (näiteks tavaliste piiskopkondadega), kuid usklike ja koguduste vähesuse tõttu ei määrata sinna veel eraldi piiskoppi ja see jääb paavsti otsealluvusse. Kohapeal juhib seda apostlik prefekt, kes on tavaliselt preester. Aja jooksul peaks apostlikust prefektuurist saama apostlik vikariaat, millel on juba oma piiskop, ja seejärel täieõiguslik piiskopkond. Seetõttu on apostlik prefektuur olemuselt ajutine üksus, üks vaheaste teel piiskopkonna poole. Euroopa riikidest oli näiteks Island aastatel 1923–1929 apostlik prefektuur, mis ülendati seejärel apostlikuks vikariaadiks.
