Õpetlasena on ta eeskätt hinnatud budistliku loogika alaste traktaatide ja populaarsete värssteoste autorina, mis sisaldavad nõuandeid ja näpunäiteid nii lihtbudistidele kui ka munkadele. 1244. aastal andis mongolite Godan-khaan käsu kutsuda Sakja Pandita kui Sakja koolkonna ja Khöni perekonna pea koos oma kahe nõbu kui koolkonna ja perekonnaliini tulevaste jätkajatega mongolite õukonda kavatsusega Tiibet mongolitele allutada. Ent Khaanile avaldas kohtumine Sakja Panditaga nii sügavat muljet, et khaan ja tema õukond olevat selle mõjul võtnud vastu budismi ning mongoli valitsejate ja sakja laamade vahel sõlmiti õpetaja-kaitsja suhe ja vastav leping. Selle kohaselt oli khaan (hiljem ka Hiina keiser) Tiibeti ja budismi kaitsja, sakja laamad aga valitseja vaimulikud õpetajad ja nõuandjad. Sakja Pandita järglane sakja troonil Phagpa Lodrö ( ’phags pa blo gros, 1235–1289) kinnitas seda suhet, olles ühtaegu Tiibeti valitseja ja kõrge aukandja Pekingis Hubilai-khaani õukonnas. Sakja Pandita tuntuim teos on 457 salmist koosnev „Mõtteterade hinnaline varakamber“ (tb legs par bshad pa rin po che’i gter), eesti keeles katkendid Linnart Mälli tõlkes (1975).
