Misjoniorganisatsioonid, misjoniseltsid ja ühingud on uusajal tekkinud ja laialdaselt levinud misjonitöö vorm. Erinevus kiriku misjonitööst seisneb selles, et huvigruppide initsiatiivil keskendutakse konkreetsetele tegevustele. Lisaks kirikute misjonitööle on alates 19. sajandist suure osa maailmamisjonist võtnud enda peale iseseisvad ja enamasti interkonfessionaalsed misjoniorganisatsioonid, mida võib seetõttu nimetada parakiriklikeks struktuurideks. Organisatsioon koolitab ja läkitab misjonäre, kogub vahendeid, rajab misjonitööks vajalikku taristut ja võib tegutseda ka pelgalt sekulaarses vallas humanitaarabi andmisel. Katoliku kirikus on samal eesmärgil loodud nn apostliku elu seltsid (ladina keeles societas vitae apostolicae), mis võivad tegutseda ka ordureeglite alusel (nt jesuiidid). Eesti Evangeeliumi Luteri Usu Kiriku vaimulike initsiatiivil asutati 1919. aastal Eesti Misjoni Selts, mis koolitas misjonäre ja tegutses Ida-Aafrikas, Hiinas jm. Ka rahvusvahelised piibliseltsid toimivad misjoniorganisatsiooni eeskujul.
