Kustoodia kui frantsisklaste ordu haldusüksus ulatub tagasi ordu rajamise aegadesse 13. sajandil, see on saanud nime vastavat üksust juhtiva ametniku ehk kustose järgi. Kustoodiad on säilinud kõigis frantsisklaste põhiharudes - observantidel, konventuaalidel ja kaputsiinidel. Enamasti on need orduprovintsist väiksemad üksused, mis kuuluvad provintsi koosseisu, kuid kustoodia võib erandlikult alluda ka otse orduülemale ehk generaalministrile. Üks selline erand on Püha Maa kustoodia, mille koosseisu kuuluvad kõik frantsisklased-observandid Lähis-Idas ning mis ületab suuruselt ja tähtsuselt paljusid orduprovintse – kustoodia nimi on jäänud sellele ajast, mil see kuulus Vahemere idakalda misjoniprovintsi koosseisu (enne aastat 1571).
