Eesti Kirikute Nõukogu asutati 16. veebruaril 1989 Kuremäe Pühtitsa kloostris ja selle olemasolu on alusdokumendi järgi põhjendatud Jeesuse käsuga jüngritele, et nad „kõik oleksid üks” (Jh 17:21). Selle käsu kohaselt viib nõukogu ellu liikmeskirikute ühiselt võetud ülesannet kristliku eluhoiaku, kõlbluse ja eetika kujundamisel Eestimaal, samuti eestimaalaste õiguste kaitsmisel ja soovist ühendada oma jõupingutused evangeeliumi kuulutamisel ja halastustöö tegemisel. Liikmeteks on (seisuga 2025. aastal): Eesti Evangeelne Luterlik Kirik, Eesti Evangeeliumi Kristlaste ja Baptistide Koguduste Liit, Eesti Metodisti Kirik, Rooma-Katoliku Kirik, Eesti Kristlik Nelipühi Kirik, Seitsmenda Päeva Adventistide Koguduste Liit, Ameenia Apostliku Kiriku Balti piiskopkond; Eesti Apostli-Õigeusu Kirik, Moskva Patriarhaadi Eesti Õigeusu Kirik, Eesti Karismaatiline Episkopaalkirik.
