Nime Amudarja esimene pool lähtub oletatavasti jõe ääres asunud linna nimest Āmul, mis asus nüüdse Türkmenistani linna Türkmenabati (varem Çärjew, Tšardžou või Tšardžui) lähistel. Teine pool lähtub pärsia sõnast daryā ’jõgi’. Keskaja araabia allikates esinev nimi Jayḩūn läheb tagasi Giihoni nimele; Giihon oli üks neljast Eedeni jõest.
