cffDNA pärineb peamiselt loote ekstra-embrüonaalsetest trofektodermi rakkudest, millest kujuneb platsenta lootepoolne osa – koorion. cffDNA-d kasutatakse mitteinvasiivse sünnieelse uuringu (NIPT-test) puhul, mille abil hinnatakse lootel kromosomaalsete haiguste/geneetiliste sündroomide esinemise riski. Positiivse testitulemuse puhul (analüüs on näidanud kõrget riski kromosoomhaiguse või sündroomi suhtes) on diagnoosi kinnitamiseks vajalik teostada koorionihattude biopsia või looteveeuuring ehk amniotsentees (lootepõie punktsioon).