Kohaliku omavalitsuse ja regionaalse arengu osakonna põhiülesanded on riigi kohaliku omavalitsuse ja regionaalpoliitika kavandamine ja koordineerimine, osalemine kohalike omavalitsuste eelarvete tulude ja kulude baasi kujundamisel ning kohalike eelarvete riikliku toetussüsteemi kujundamisel ja arendamisel vastavalt ministeeriumidevahelisele tööjaotusele, maakondade riikliku haldamise küsimuste korraldamine ning haldus- ja asustusjaotuse arengu kavandamine ja koordineerimine.