Eksperiment (etapp 1):
1. Peale 8-12-tunnilist inkubeerimist võtta 1,5 ml iga bakterikultuuri ja viia üle 1,5 ml Eppendorfi tuubidesse. Bakterirakud sadestada tsentrifuugimisel 2 min 5.000 p/m Eppendorfi tsentrifuugil. Eemaldada sööde pipeteerides või veejoa vaakumpumbaga imedes.
2. Bakterisade resuspendeerida 100 µl lahuses I. Sade tuleb täielikult suspendeerida! Täielik suspendeerimine lahuses I on väga oluline, sellest sõltub DNA saagis. Segamiseks võib kasutada vortex'-it või 200 µl automaatpipetti, pipeteerides segu edasi-tagasi.
3. Bakterite lüüsimiseks lisada 200 µl lahust II. Sulgeda tihedalt 1,5 ml tuub ja segada korralikult läbi pöörates tuubi mõned korrad ümber. Lüüsitud bakterisuspensioon peab muutuma viskoosseks ja läbipaistvaks. Vortex'-il mitte segada! Liiga tugeval segamisel bakteri genoomne DNA fragmenteerub ja satub preparaati. Asetada 1,5 tuubid jääle.
Preparation of the bacterial suspension (a)
Set aside two tubes containing the stock culture (3.1) and reinoculate them weekly. Incubate for 24 hours at 37 ?C and store in a refrigerator at about 4 ?C.
