Keskkonnaauditeerimise eesmärgiks on perioodiliselt hinnata toimunud või toimuva tegevuse vastavust õigusaktide nõuetele, keskkonnapoliitikas, keskkonnajuhtimissüsteemis ja keskkonnakavas kavandatule või standardites ja lepingutes sätestatule auditikliendi määratud kriteeriumide alusel.