Inspektsiooni tegevust kavandab ja juhtimist kontrollib Inspektsiooni nõukogu (edaspidi nõukogu).
Nõukogu: 1) kinnitab Inspektsiooni juhatuse (edaspidi juhatus) ettepanekul Inspektsiooni tegevuse strateegia; 2) kinnitab juhatuse ettepanekul Inspektsiooni eelarve ja käesoleva seaduse §-s 37 sätestatud juhul lisaeelarve ning teeb ettepaneku valdkonna eest vastutavale ministrile järgneva eelarveaasta järelevalvetasu mahuosa määra kohta; 2^1) kinnitab eelarve ülejäägi kasutamise; 3) kinnitab juhatuse ettepanekul Inspektsiooni struktuuri kujundamise ja töö tasustamise alused ning käesoleva seaduse § 51 lõikes 4 sätestatud sise-eeskirjad; 4) kinnitab juhatuse koosseisu suuruse, nimetab ametisse juhatuse liikmed ning valib nende hulgast juhatuse esimehe; 5) kutsub tagasi juhatuse liikmed; 6) otsustab juhatuse esimehe ja liikmetega ametilepingu sõlmimise, muutmise ja lõpetamise; 7) kinnitab juhatuse esimehele ja liikmetele makstava ametitasu ja lisatasu suuruse ning nendele kohaldatavad sotsiaalsed garantiid; 8) otsustab juhatuse esimehe ja liikme vastu viimaste poolt õigusakti või oma kohustuse rikkumise tagajärjel riigile tekitatud kahju hüvitamise nõude esitamise; 9) kinnitab juhatuse esitatud Inspektsiooni aastaaruande; 10) kinnitab nõukogu reglemendi; 11) teeb otsuseid muudes seadusega nõukogu pädevusse antud küsimustes.