Eesti Biokeemia Selts asutati tolleaegse Üleliidulise Biokeemia Seltsi osana Tartus 2. veebruaril 1959.
Euroopa Biokeemia Seltside Föderatsiooni (FEBS) volikogu rahuldas Eesti Biokeemia Seltsi taotluse astuda Föderatsiooni liikmeks Jeruusalemmas 4. augustil 1991.a., millest teatati FEBSi tsirkulaaris nr. 331 24. jaanuarist 1992.a. Alates 13. novembrist 2009 on Eesti Biokeemia Selts assotsieerunud Eesti Teaduste Akadeemiaga.
