Nime Sõrdarja esimene pool on rahuldava seletuseta, viidatud on nii usbeki sõnale sir ’saladus’ kui ka Araali mere ajaloolisele nimele; teine pool lähtub pärsia sõnast daryā ’jõgi’. Keskaegsetes araabia allikates on nimeks Sayḩūn, mis märgib üht neljast Paradiisi jõest.
